上海海事大學交通運輸學院作為全國最早創立交通運輸工程專業及第一批碩士點院校之一，積累了半個多世紀的人才培養與學科研究的豐厚經驗，逐步發展成為我國從事交通運輸（水運管理）專業教學與研究的主要基地。
目前，交通運輸學院學科體系完整，人才培養層次齊全，現擁有交通運輸規劃與管理博士學位授予權，交通運輸工程、交通運輸規劃與管理2個碩士點，國際航運與物流、物流工程與管理2個中外合作研究生培養項目，交通運輸、航運管理、物流管理、交通工程4個本科專業，在校全日制研究生350余人，本科生近2200人。其中交通運輸規劃與管理學科于2007年和2008年先后被國家教育部和上海市批準為國家重點（培育）學科和上海市重點學科。物流管理、航運管理專業為國家級特色專業，交通運輸、航運管理、物流管理被列為上海市本科教育高地。
交通運輸學院擁有一支結構合理、實力雄厚的師資隊伍，共有專任教師82名，教授14人（含博導8人），副教授30人。教師中已具有博士學位和正在攻讀博士學位的人數占交通運輸學院教師總數的91.5%。
交通運輸學院大力開展科學研究，重視企校合作，目前建有虛擬現實實驗室、水運系統決策技術與評價重點實驗室、現代港口綜合實驗室、數字物流實驗中心實驗室、碼頭自動化控制實驗室、交通工程實驗室、FFA實驗室等科研平臺，科研成果豐碩。
交通運輸學院早在1983年就與亞太經社會合作培養航運研究生班，近年又與世界海事大學、西澳大利亞大學合作培養研究生，與中西非地區海事大學合作開辦物流管理本科專業，與香港理工大學、美國麻省海運學院、韓國仁荷大學建立互換學者及學生的交流機制。
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