廣州醫科大學于1985年開始招收培養研究生；2001年，經國務院學位委員會批準，廣州醫科大學成為廣東省首個擁有博士學位授予單位的市屬高校。廣州醫科大學歷年來十分重視研究生教育的培養和管理。1999年，廣州醫科大學成立研究生處；后為適應新形勢下研究生教育的發展，進一步提高研究生培養質量，研究生處先后更名為研究生部、研究生學院，并于2014年在廣州醫科大學研究生教育開展30周年之際，研究生學院正式更名為研究生院。
廣州醫科大學具備碩士研究生推免資格，現有的研究生教育涵蓋碩士生教育（含同等學力人員申請碩士學位）和博士生教育，擁有一級學科博士授權點1個（臨床醫學，涵蓋20個二級學科，包括自設臨床病理學與病理生理學和臨床藥理學兩個學科），一級學科學術學位碩士授權點6個（臨床醫學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合、護理學、管理科學與工程），涵蓋二級學科碩士授權點37個；獨立學術學位二級學科2個（藥理學、生物化學與分子生物學）；專業碩士學位授權點4個（臨床醫學、口腔醫學、公共衛生、藥學），碩士點學位授予包括了醫學博士、醫學碩士、臨床醫學專業碩士、理學碩士和管理學碩士等5個學位類型。此外，廣州醫科大學還擁有國家重點學科1個，省級（部級）一級重點學科1個，二級重點學科4個，市級重點學科10個，這一系列重點學科的建設都有力地推動了廣州醫科大學對研究生的教育和培養。
經過三十多年的發展，廣州醫科大學研究生教育形成了鮮明的辦學特色：（1）產學研一體化培養模式。廣州醫科大學研究生教育秉承"厚德修身，博學致遠"的校訓，堅持以人為本、理論與實踐相結合的培養原則，實行產學研一體化的人才培養模式，先后建立10個研究生校外培養基地，并與廣州醫科大學附屬醫院及多家醫院結成共建單位，打造"校內上課、醫院實操"的研究生培養模式，夯實學生的專業基礎和專業能力。（2）注重培養具有創新精神和實踐能力的高素質實用型人才。近年來，我校研究生獲得的全國優秀博士論文提名、省優秀博士學位論文、省優秀碩士學位論文的數量不斷增加，發表的高水平論文數量和質量也在不斷提高；在全國各類競賽和社會實踐活動中，如挑戰杯和廣東省大學生校園文化藝術節等，我校研究生屢獲佳績。（3）重視對外學術和教育交流合作。目前，廣州醫科大學已啟動了與臺灣、英國大學合作培養研究生的辦學模式；并先后與美國、法國、英國、韓國、澳大利亞、香港、臺灣等國（境）內外高等院校和研究部門開展合作辦學和學術交流活動，每年都選派優秀研究生出國學習和進行科研交流活動。此外，一批國外著名高校專家被我校聘為特聘教授、名譽教授或客座教授，不定期為我校研究生傳道授業，推動了廣州醫科大學研究生教育與國際接軌。
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